Својата научна кариера ја градеше во Институтот за национална историја во Скопје, каде што достигна звање научен советник и редовен професор.
„Предавал и на повеќе високообразовни институции, меѓу кои Универзитетот „Американ колеџ“ во Скопје и Правниот факултет „Јустинијан Први“.
Во последните години беше активен како колумнист и политички аналитичар.
„Во Клиничкиот центар во Скопје денеска по кратко боледување почина проф. д-р Јован Донев (71), поранешен амбасадор, универзитетски професор, виден истражувач и деец во сферата на општествените науки, аналитичар и долгогодишен колумнист на „НетПрес“.
Магистрирал во 1986 година, докторирал во 1993 година на УКИМ со дисертација за меѓународно-политичките аспекти на британско-руската реформа во Македонија во 1907–1908 година.
„Беше професор и научен советник во Институтот за национална историја при УКИМ, к Донев.