Фондот за здравствено осигурување ги засилува контролите во здравствените установи со кои има склучено договор, со посебен акцент на проверката на наплатата на здравствените услуги и откривањето евентуални неправилности при наплата на услуги што се покриени од задолжителното здравствено осигурување. Целта на засилените контроли е да се утврди дали здравствените установи доследно ги почитуваат договорните обврски и законските прописи, особено во делот на евентуална двојна наплата, односно случаи во кои за иста здравствена услуга се наплатуваат средства и од Фондот и од осигуреникот. Фондот потсетува дека за здравствените услуги што се обезбедуваат на негов товар, во здравствените установи со кои има склучено договор, осигурениците немаат обврска да плаќаат дополнителни износи, освен законски утврденото учество со лични средства (партиципација), доколку за конкретната услуга е предвидено такво учество.